Die Entstehung der Sebastianskirche geht auf die Pest während des Dreißigjährigen Krieges (1618 - 1648) zurück.
Die Partenkirchner hatten große Angst vor dieser ansteckenden Krankheit. Darum haben sie die Pesttoten nicht auf dem Friedhof rund um die Pfarrkirche im Ortskern beerdigt, sondern auf einem eigenen Pestfriedhof (1634) außerhalb des Ortes.
Drei Jahre später wurde im Jahr 1637 der Grundstein für die Sebastianskirche gelegt, zu Ehren der Pestpatrone dem Hl. Sebastian und dem Hl. Rochus.
